Eu não tenho certeza de como semelhante suas máquinas são, mas eu trabalhei na implantação do Kernel para muitos sistemas idênticos. Opção 1 é tipicamente como eu faria isso - apenas empurrando o novo kernel e módulos pela rede. Embora se você tiver um gerenciador de pacotes no sistema, um pacote rpm também não seria uma maneira ruim de fazê-lo.
Se houver algumas diferenças de hardware no sistema, há uma chance de o kernel ter problemas. Como se houvesse um MAC Ethernet diferente em uma máquina, talvez seja necessário ativar o suporte para esse hardware específico.
Basicamente, você pode habilitar tudo o que o kernel tem a oferecer para obter um kernel inchado com suporte para cada sistema, ou você pode descobrir exatamente com qual hardware está trabalhando e habilitar o suporte apenas para esse hardware - produzindo um kernel mais enxuto .