Eu não sei sobre o "melhor" caminho, mas eu provavelmente não faria isso em paralelo, apenas algo simples como:
for sql in *.sql; do
mysql options <"$sql"
done
Se você precisar para fazer isso em paralelo:
for prefix in File1 File2; do
for sql in ${prefix}_*.sql; do
mysql options <"$sql" &
done
wait
done
Primeiro, pegará os arquivos File1*
e iniciará o MySQL em paralelo. Em seguida, espere que eles terminem antes de fazer o mesmo com todos os arquivos File2*
.