Se você chamar um script de usuário na página inicial dos usuários (editável pelo usuário) com permissões de root, isso significa que o usuário é root. De um ponto de vista de segurança / princípio de menor privilégio, isso é uma coisa muito ruim a se fazer.
Claro, no seu caso, isso pode não importar. Contanto que você saiba o que está fazendo e quais são as possíveis repercussões, e se não deixar que se torne um hábito, pode fazê-lo mais tarde sem pensar ...
Pessoalmente, eu apenas coloquei a atualização em coisas raiz, não sei por que isso exigiria dar raiz aos usuários regulares. Mesmo se você for o único usuário, não usar a conta root quando não precisar também é uma medida para evitar acidentes.