Não há mágica nesse caso. Você não pode usar a cópia estática de um pacote Debian para instalar os arquivos systemd e sysV, porque isso duplicará os serviços.
Portanto, a solução que encontrei foi entregar os arquivos de configuração como arquivos normais dentro do arquivo deb, e então implementar uma rotina dentro dos scripts postinst / postrm que identifica qual sistema init a máquina de destino está rodando e então copiar o direito arquivo para o diretório apropriado.
if [[ 'systemctl' =~ -\.mount ]]
then
cp $serviceDir/service-systemd /lib/systemd/system/$serviceName.service
elif [[ -f /etc/init.d/cron && ! -h /etc/init.d/cron ]]
then
cp $serviceDir/service-sysvinit /etc/init.d/$serviceName
fi