Uma solução melhor seria adicionar os arquivos apropriados a /etc/grub.d em todos os seus sistemas, para que seja seguro executar update-grub em qualquer lugar. Eu imagino que isso está documentado, mas eu não olhei.
No entanto, assumindo que você irá gerenciar seus menus grub manualmente, você pode desabilitar o update-grub automático nas instalações (e remoções) removendo /etc/kernel/postinst.d/zz-update-grub e /etc/kernel/postrm.d/zz-update-grub , ou melhor ainda, editando-os para adicionar exit 0 logo após #! /bin/sh , então eles começam da seguinte forma:
#! /bin/sh
exit 0
set -e
Dessa forma, será mais fácil desfazer a alteração, se necessário.