etckeeper vcs meramente carrega /etc/etckeeper/etckeeper.conf (que pode, mas geralmente não define variáveis de ambiente), determina qual sistema VCS o repositório usa e chama o comando VCS apropriado com o argumento especificado. Se você souber que o repositório está armazenado no git, executar etckeeper vcs foo ou git foo não faz diferença.
A execução de comandos como etckeeper commit em vez de git commit faz diferença, embora não necessariamente crítica. Para tomar o exemplo de git commit , toda a inteligência sobre permissões e propriedade está em um gancho. O que o etckeeper commit faz (além de determinar qual VC usar) é como configurar a identidade do autor de acordo com a configuração do etckeeper, confirmando tudo por padrão (para que etckeeper commit seja igual a git commit -a ) e passando bandeiras extras definidas no configuração do etckeeper.