O Apache salva arquivos como www-data, porque é o usuário com o qual ele é executado por motivos de segurança .
O que você pode fazer é criar um usuário e um grupo específicos para o seu site e usar mod-ruid2 para configurar seu vhost para usar esse usuário.
Para instalá-lo:
sudo apt-get install libapache2-mod-ruid2
E para configurá-lo no vhost:
<Directory "/var/www/mydir">
RMode config
RUidGid my_new_user my_new_group
Cada vhost também pode ter usuários diferentes, o que em vários servidores vhost pode ser conveniente, seja para configurações de vários hosts com vários usuários, ou para saber se o vhost está enviando spam, por exemplo.
Quanto à propriedade dos arquivos, continue lendo.
No diretório do seu vhost, você também o configura com o diretório setuid ou SetGid, para qualquer arquivo que você deixar lá como seu usuário normal que também pertença a esse grupo, para ser forçado a esse grupo ou usuário e não ao seu normal grupo.
Para forçar a propriedade do usuário, siga as próximas etapas:
chown my_new_user.my_new_group /var/www/mydir
setUID para o diretório
chmod u+s /var/www/mydir
setGID para o diretório
chmod u+g /var/www/mydir