Graças a @ams, eu tenho acesso aos logs, onde parece ser um problema com o PAM. Desativei a autenticação pam em sshd_config
e consegui fazer login como root. Lá eu poderia fazer uma atualização do sistema (em que o pam tinha uma nova versão), e fazer login como usuário normal agora é possível.
No entanto, por algum motivo, a pausa entre as tentativas de login no ssh ainda não existe (o que obviamente é um problema sério de segurança), mas vou postar uma pergunta separada sobre isso, se necessário.