Você entendeu mal o que o comando faz. lsmod
não lista todos os módulos disponíveis, apenas lista os módulos atualmente carregados. Por exemplo, no meu Arch:
$ lsmod | grep rtl8723ae ## returns nothing, the module isn't loaded
$ sudo modprobe rtl8723ae
$ lsmod | grep rtl8723ae
rtl8723ae 81920 0
btcoexist 53248 1 rtl8723ae
rtl8723_common 20480 1 rtl8723ae
rtl_pci 28672 1 rtl8723ae
rtlwifi 65536 2 rtl_pci,rtl8723ae
Como você pode ver, o módulo é listado assim que você o carrega. Presumivelmente, algo em seu ambiente chroot está fazendo com que ele seja carregado automaticamente.