Primeiro de tudo você pode verificar ~/.xsession-errors
para quaisquer erros no i3wm. No seu caso, provavelmente será esse:
/bin/sh: 1: lock: not found
O que significa que você definiu seu alias no arquivo de configuração que não é originado ao iniciar a instância do i3wm.
Então, aqui você pode mover seu comando alias para separar o script e alterar a configuração para:
bindsym Ctrl+l exec /full_path_to_script/lock