Dados "específicos do site" no FHS e "pacotes de sites" no Python são duas coisas diferentes.
FHS: dados específicos do site
Conforme indicado na documentação :
/srv : Data for services provided by this system
This main purpose of specifying this is so that users may find the location of the data files for particular service, and so that services which require a single tree for readonly data, writable data and scripts (such as cgi scripts) can be reasonably placed. Data that is only of interest to a specific user should go in that users' home directory.
The methodology used to name subdirectories of /srv is unspecified as there is currently no consensus on how this should be done. One method for structuring data under /srv is by protocol, eg. ftp, rsync, www, and cvs. On large systems it can be useful to structure /srv by administrative context, such as /srv/physics/www, /srv/compsci/cvs, etc. This setup will differ from host to host. Therefore, no program should rely on a specific subdirectory structure of /srv existing or data necessarily being stored in /srv. However /srv should always exist on FHS compliant systems and should be used as the default location for such data.
Portanto, aqui você pode colocar arquivos de dados para um serviço específico, como FTP, WWW ou CVS (em contraste, dados que pertencem apenas a um usuário específico colocado no diretório / home /).
Python: pacotes de sites
Aqui é apenas um local onde pacotes Python de terceiros (que não fazem parte da distribuição principal do Python) estão instalados. Por exemplo. para Python3 no Ubuntu é:
>>> import site; site.getsitepackages();
['/usr/local/lib/python3.4/dist-packages', '/usr/lib/python3/dist-packages', '/usr/lib/python3.4/dist-packages', '/usr/lib/dist-python']
Atualização: significado de 'site' na ESF
Por "site", significa recurso que é servido aos usuários em diferentes hosts via rede. Por exemplo. 'web-site' é um conjunto de páginas da web servidas via http, ou se você quiser dar a outros usuários acesso ao seu repositório git e executar o daemon git para que eles possam se conectar a ele através dos protocolos git / ssh.