I use a program that recreates a certain directory structure each time it is run ... Is there something else that will maintain the shell window's correct view of the recreated directory at all times?
Não diretamente, não. Sua concha está em terra de ninguém depois de re-executar seu programa. A solução mais segura (se você insistir em remover o diretório de nível superior) é manter o seu shell cd
'd acima dele ( cd ..
) e executar algo como:
watch "ls subdir"
... para que ele mostre as atualizações conforme elas acontecem.