Como sugerido nos comentários, um bind mount pode ocultar arquivos e diretórios do comando du . Mas pode haver outra coisa também ...
O seguinte pode ser revelador:
% strace -e statfs df /
statfs("/", {f_type="EXT2_SUPER_MAGIC", f_bsize=4096, f_blocks=6288727, f_bfree=4705740, f_bavail=4380531, f_files=1605632, f_ffree=1412254, f_fsid={1878967121, -50608953}, f_namelen=255, f_frsize=4096}) = 0
Filesystem 1K-blocks Used Available Use% Mounted on
/dev/sda2 25154908 6331948 17522124 27% /
+++ exited with 0 +++
Observe que há uma diferença entre f_bfree e f_bavail . De man statfs :
fsblkcnt_t f_bfree; /* Free blocks in filesystem */
fsblkcnt_t f_bavail; /* Free blocks available to
unprivileged user */
A coluna Used é baseada em um cálculo: é contagem total de blocos - contagem de blocos livre.