Isso é muito comum. O BIND pode facilmente atender vários domínios. Basta criar um arquivo de zona para cada domínio e depois adicionar cada domínio ao seu arquivo named.conf assim:
zone "domain1.com" {
type master;
file "dynamic/domain1.zone";
};
zone "domain2.com" {
type master;
file "dynamic/domain2.zone";
};
Pode haver outras opções que você pode precisar no bloco {} da zona. O BIND não se importa que você esteja usando o mesmo IP em mais de um domínio ou zona.