O problema parece ser causado por uma nova linha ou retorno de carro e nova linha em $ authKey, como fornecido por "FireEye AX"
Você pode retirar os retornos de carro e os avanços de linha passando-os por tr -d '\r\n'
por exemplo.
# Get authentication key from FireEye AX response
while read line
do
if [[ $line =~ ^SOME-PATTERN:[[:space:]](.*) ]]
then
authKey="${BASH_REMATCH[1]}"
authKey=$(printf "%s" "$authKey" | tr -d '\r\n')
fi
done <auth.txt
Não me lembro se o $ BASH_REMATCH foi passado para uma subshell ... você pode tentar em uma linha, talvez funcione:
authKey=$(printf "%s" "${BASH_REMATCH[1]}" | tr -d '\r\n')