Não há como iniciar uma operação de verificação do sistema de arquivos "no meio", pois o programa precisa conhecer o estado completo do sistema de arquivos para poder funcionar.
Você poderia ter digitado ^ Z para interromper o programa e depois executar fg
para retomar ou simplesmente deixá-lo em paz. Se você matou o programa, é tarde demais para fazer qualquer coisa que seja uma nova execução completa.