Os nomes dos arquivos de correção não devem importar. O que (geralmente) importa é o nome do arquivo a ser corrigido, conforme definido nas duas primeiras linhas do próprio arquivo de patch.
Como exemplo
--- /tmp/file.original 2015-10-08 13:02:28.171436259 +0100
+++ /tmp/file 2015-10-08 13:02:31.167408397 +0100
@@ -1,3 +1,3 @@
This is the file
-This is the original file
+This is the patched version of the file
This is the file
Isso mostra que o arquivo a ser corrigido é /tmp/file
e o patch pode ser aplicado com patch -p0 < patch_file
.