De man echo
-e
enable interpretation of backslash escapes
If -e is in effect, the following sequences are recognized:
\r
carriage return
De man cat
-e
equivalent to -vE
-E, --show-ends
display $ at end of each line
-v, --show-nonprinting
use ^ and M- notation, except for LFD and TAB
Então, como eu entendo que a expressão \r retorna o carro, então você está ecoando após o retorno, é por isso que quando você usa cat index.php , a saída é <?php echo 'A PHP Test ';?> .
Quando você usa cat usando a opção -e , está imprimindo ^M quando há uma instrução não imprimível e $ no final da linha, como a opção -E