Autotoolchain GNU:
autotoochain , geralmente eu diria que use autotools se você tem um grande projeto para distribuir.
Linux GCC
é apenas um sistema de compilador para compilar e distribuir seu produto. Você não pode fazer compilação cruzada com o gcc normal, você também tem que fornecer seu próprio Makefile para compilar (se você precisar de um).
Cross-Compiling (Cross GCC)
Também é um compilador do GCC, mas feito para compilação cruzada. Por exemplo, você pode escrever e compilar um aplicativo em seu próprio PC x64 ou x86-Bit para ser executado, por exemplo, em plataformas ARM. Wiki Cross-Compiler
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