Experimente o gparted (ele está instalado no disco de instalação do Ubuntu, você pode apenas iniciá-lo no painel).
Se o gparted vir sua partição do Windows, basta criar sua partição adicional e aplicá-la.
Se isso não acontecer, você terá que consertá-lo a partir das "ferramentas administrativas" do Windows (certifique-se de que as partições estão bem lá, sem coisas exóticas específicas do Windows).
Se você não pode consertar suas partições usando o gparted, nem com a ferramenta de particionamento do windows, faça backup dos seus dados, tenha uma mídia de instalação do Windows, reparticione seu disco usando o gparted, instale o windows em uma partição e linux no outro.