Eu estou tentando executar a substituição do processo dentro de um comando passado para o Platform LSF via bsub.
No nó de trabalho para o qual envio meu trabalho, a substituição de processo não está ativada porque não é um recurso compatível com POSIX.
Por isso, preciso ativar o recurso e, em seguida, enviar um segundo processo a partir do bsub. Eu tenho esse trabalho usando um documento aqui, no entanto, não é sem erros. O marcador EOF final não está sendo lido, por exemplo, warning: here-document at line 4 delimited by end-of-file (wanted 'EOF')
set +o posix;
bash <<EOF
some.program -1 <(gunzip -c some.file) -2 <(gunzip -c some.file);
EOF
enviado ao bsub como string única, por exemplo
set +o posix;\nbash <<EOF\nsome.program -1 <(gunzip -c some.file) -2 <(gunzip -c some.file);\nEOF
Alguma sugestão sobre como obter o EOF final para ser lido corretamente? Como eu digo, tudo corre bem, então isso é apenas um caso de arrumar o código.
O shell precisa que a string EOF esteja sozinha em uma linha completa, basta adicionar um \n depois dele (e não fazer nada: depois também pode ajudar):
set +o posix;\nbash <<EOF\nsome.program -1 <(gunzip -c some.file) -2 <(gunzip -c some.file);\nEOF\n:
Observação: eu quis dizer que isso é um comentário, mas não há espaço suficiente em um comentário para escrever isso na íntegra.
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