A AMD distribui um arquivo executável que você deve executar como raiz para executar a instalação. Seu nome e o nome desse nome são praticamente irrelevantes.
Esse arquivo, sendo um executável, pode funcionar de qualquer maneira que a AMD escolher para fazê-lo funcionar. Pode ser um script de shell (eu entendo que é) ou um executável binário ou, teoricamente, qualquer outra coisa executável. Portanto, realmente não existe uma maneira generalizada de editar uma coisa dessas enquanto preserva sua estrutura.
the run file is not purely shell script commands
Sim, esses scripts fornecidos pelo fornecedor que pretendem instalar o software em meio ao seu sistema geralmente incluem um meio de extrair um arquivo binário (como tar ) que é codificado e incorporado dentro do script de shell. Isto é o que você quer dizer com "tem uma seção com código binário".
Mais uma vez, porém, a maneira pela qual o fornecedor escolheu codificar e incorporar esse arquivo é completamente arbitrária. Pode ser um arquivo tar codificado em base64, ou qualquer outra coisa, na verdade.
Se você quiser editar o arquivo fornecido pela AMD, você terá que examiná-lo para ver como ele funciona, provavelmente decodificar e extrair parte dele, aplicar o patch, arquivar e recodificar o resultado e substituir o conteúdo incorporado original com o seu.
Resumindo: esse tipo de método de instalação de software não é bem estruturado como um pacote Debian ou RPM e não pode ser manipulado com o mesmo tipo de regularidade e padronização.