De acordo com a documentação em PHP exec () :
If the output argument is present, then the specified array will be filled with every line of output from the command.
A sua versão de at
declara o número do trabalho?
$ echo /bin/true | at now + 1hour
job 1 at Fri Apr 24 12:00:00 2015
Nesse caso, você pode usar explode () com um delimitador de espaço para obter o número do trabalho.
<?php
// Remember to redirect stderr to stdout with "2>&1"
$command = "echo /bin/true | at now + 1hour 2>&1";
$at_message = explode(" ", exec($command, $output, $return_value));
$job_number = $at_message[1];
echo $job_number;
?>