Trabalhos em lote enviados por qsub são executados em seu diretório pessoal por padrão.
Algumas versões do qsub suportam o -d opção para especificar um diretório diferente . Para executar o script no mesmo diretório em que você executou qsub , use
qsub -d "$PWD" -q hpc-pool ./myScript.sh
Se a opção -d não estiver disponível, você poderá acessar o diretório em que você executou qsub em seu script, na variável PBS_O_WORKDIR . Então, adicione esta linha perto do começo do seu script:
cd "$PBS_O_WORKDIR" || exit $?