O MTPFS é um sistema de arquivos, não uma partição. Seu computador faz solicitações como "forneça o arquivo neste local" e não "forneça o conteúdo desse bloco". Como os arquivos são armazenados no outro lado não é visível através do MTP; Poderia ser um gnome digitando respostas muito, muito rápido.
Se você quiser fazer um backup do que você pode ver através do MTP, faça um backup dos arquivos. Isso é tudo que o MTP te dá. As áreas excluídas estão muito além do seu alcance lá.
Se você quiser fazer um backup das partes que você não vê sobre o MTPFS, você precisa de alguma outra maneira de acessar o dispositivo. Acho que o acesso adb dá acesso a mais coisas do que o ADB, mas no Galaxy S5, como na maioria dos telefones Android , você só obtém acesso ADB sem privilégios, então ainda há muitas coisas que você não pode acessar, incluindo o espaço em disco não utilizado.
Para executar essa recuperação de dados, você precisa ter acesso root. Existem duas maneiras de fazer isso. Uma maneira é instalar uma imagem alternativa do sistema. Eu acho que o Galaxy S5 permite que você faça isso, mas esse processo limpa o armazenamento interno, então isso não é bom para você. A outra maneira é explorar um bug na sua versão do Android, se ele tiver um bug conhecido.
Se você ainda não instalou o telefone e a Samsung não cometeu nenhum erro de implementação, não é possível fazer o que está tentando fazer. Isso é considerado um recurso de segurança: você não pode extrair arquivos de sistema do dispositivo. A única opção é explorar um erro que a Samsung fez, se você pode encontrar um, ou ataques de hardware bastante caros, como dessoldar a memória flash. Desculpe.