Eu me deparei com esse mesmo problema. Estou usando o Windows 8 como meu servidor e o Elementary OS como o cliente. Não tenho certeza se sua configuração é a mesma.
Eu usei os comandos da linha de comando do Synergy para iniciá-lo em uma sessão de tela;
Eu instalei o Screen (tela sudo apt-get install). Então eu abri uma sessão Screen usando "screen -S synergy", e chamei de sinergia, então eu sabia para que era a sessão de tela.
Em seguida, executei o seguinte comando para iniciar o Synergy: synergyc -n NAME OF ELEMENTARY OS COMPUTER -f NAME OF SERVER
.
Eu então fechei minha sessão de Screen usando Ctrl + A + D .
A página de manual da tela foi encontrada aqui . Realmente, as únicas tags que você precisa é -S, em seguida, o nome e -r para recolocar a tela.
Os comandos do cliente de sinergia são encontrados aqui .