Os nomes dos arquivos que você mostra se parecem com os arquivos temporários criados pelo rsync durante a transferência de arquivos (após a conclusão bem-sucedida, eles são renomeados atomicamente para o nome adequado; sem o ponto inicial e a extensão de seis caracteres).
Normalmente, eles são excluídos se a transferência de rsync for interrompida de forma limpa (talvez porque a conexão tenha sido perdida), mas não se o rsync de algum modo for morto sem receber uma chance de limpeza.
Talvez você esteja encontrando uma condição de pouca memória que faz com que o rsync seja morto de vez em quando, ou algo semelhante?