Meus dois centavos é que você não deve colocar o arquivo em um dos caminhos de cabeçalho padrão do sistema - você deve colocá-lo em qualquer diretório que desejar ( /usr/local/libfoo_v1.0/include sendo uma convenção muito comum, com a própria biblioteca instalada em /usr/local/libfoo_v1.0/lib ) e, em seguida, aponte o compilador para esse diretório com -I/usr/local/libfoo_v1.0/include na linha de comando do compilador.