Um link simbólico não afeta as permissões do seu destino, é apenas uma maneira de armazenar um caminho que é seguido automaticamente pelo kernel. De fato, muitos sistemas ignoram completamente as permissões dos links simbólicos.
Um link físico não ajudaria, já que é uma maneira de ter o mesmo arquivo (mesmo conteúdo, mesmos metadados, incluindo permissões) em vários locais no sistema de arquivos.
Você pode usar bindfs para criar uma visão alternativa de um sistema de arquivos onde os arquivos têm uma permissão diferente.
bindfs --perms=a+x /path/to/wherever/I/have/put ~/bin/wherever
Isso tornaria todos os arquivos no modo de exibição alternativo executável. Provavelmente não é um método conveniente no seu caso, mas pode ser útil para outras pessoas com um problema semelhante.
A solução real para você seria consertar o sistema de repositório para que ele não se importe com as permissões, supondo que o sistema de download seja capaz de tornar os arquivos executáveis. Caso contrário, o que eu faria seria alterar a permissão dos arquivos após o download.
#!/bin/sh
actual-download-command
chmod +x /path/to/wherever/I/have/put/*.py