Ok, eu acertei. Meu homedir é criptografado usando o ecryptfs, e ele é descriptografado somente quando eu efetuo login. Portanto, durante o tempo de inicialização, o binário não tem acesso ao ~ / .config / syncthing / *, que precisa ser iniciado corretamente. Quando eu inicio o script manualmente, estou logado, é claro, então tudo funciona.
Me estupe.
Btw, a opção --no-close de start-stop-daemon forneceu a sugestão e permitiu canalizar a saída do daemon para um arquivo. Muito obrigado pelos seus comentários, enfim!
Enno