Você pode usar iotop -b
(modo em lote) dentro de um loop com base em # de segundos.
Isso vai cuspir tudo e depois redirecioná-lo para um arquivo.
Eu estou tentando encontrar um exemplo de loop de shell para fazer isso, mas eu não faço muita programação shell.
Se eu iniciei o comando manualmente, eu executaria:
iotop -botqk > ~/log-iotop.txt
ou algo similar. Espero que ajude!