Um loop simples fará o truque.
cd working
for dir in */*/; do
[ -e "$dir/files.zip" ] || # skip directories where the zip already exists
( cd -- "$dir" && zip -r files.zip .)
done
Observe que o zip é inteligente o suficiente para ignorar o arquivo zip que está sendo construído ao recorrer nesse diretório. Alguns outros programas de arquivamento tentariam preencher o arquivo que está sendo construído no arquivo que está sendo construído.