Supondo que você queira remover todos os casos de :
seguidos pelos números da quarta coluna (você diz o sexto na sua pergunta, mas é o quarto no seu exemplo), você pode usar um destes:
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awk
awk -F';' -v OFS=";" '{sub(/\.[0-9]*$/,"",$6);}1;' file.csv > new.csv
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Perl (isso altera o arquivo atual e mantém o original como
file.csv.bak
)perl -i.bak -F';' -ane '$F[5]=~s/\.[0-9]*$//; print join ",", @F' file.csv