Uma url com link para file:///
tentará acessar esse arquivo no PC do usuário, não no servidor.
Você deve se vincular ao arquivo diretamente através do sistema de arquivos, como o seu servidor permitir, seja com um caminho relativo ../../srv/protected/book1.pdf
ou absoluto /srv/protected/book1.pdf
Certifique-se de que seu DOCUMENT_ROOT
no Apache esteja configurado de forma a permitir que esses diretórios sejam acessados (links sym ou os dados que residem dentro da raiz).