Eu percebi isso há algum tempo e não tenho ideia do que fazer para corrigi-lo ou mesmo se esse comportamento é esperado.
Digamos que eu tenha 3 janelas do gedit abertas. Então continuo trabalhando no terminal, no firefox etc. O ponto é que não consigo mais ver as janelas do gedit. Para limpar a bagunça, pressiono Super + D, que basicamente esconde tudo.
Se eu clicar no ícone do gedit na barra de inicialização, eu abro a última janela aberta do gedit e se eu clicar novamente, ele espalha todas as janelas do gedit para que eu possa escolher qual delas eu quero. Até aí tudo bem!
Neste momento, um comportamento estranho acontece. Na visualização de propagação, se eu escolher algo além da última janela de gedit aberta, não será possível abri-la. Basicamente, parece que o Ubuntu ainda está dizendo à janela para permanecer escondido do último Super + D.
Agora eu tenho que pressionar super + D (que esconde tudo novamente porque há uma janela do gedit aberta) e então super + D novamente (o que revela tudo) e agora funciona e eu posso clicar duas vezes no ícone do gedit e selecionar o outro janelas do gedit que não foram as últimas abertas.
Eu realmente não vejo como isso poderia ser um recurso. O comportamento intuitivo óbvio ao clicar em uma janela no spread é que essa janela chega ao topo da tela.