Renomeie o diretório externo para fora do caminho, mova o diretório interno para o nome desejado e exclua o diretório externo (agora vazio):
$ mv com to-delete
$ mv to-delete/com com
$ rmdir to-delete
Você também pode mv com/com/* com
e remover o diretório interno, se você não tiver muitos arquivos e nenhum deles for dotfiles, mas o acima é mais geral e mais eficiente.