sudo gedit /usr/share/contractor/make_executable.contract
Adicione este conteúdo e salve:
[Contractor Entry]
Name=Make executable
Icon=name.of.icon.wanted
Description=Make a file executable
MimeType=inode;application/x-sh;application/x-executable;
Exec=gksudo chmod +x %U
Deve fazer o truque.
Mas é possível que em elementaryOS um arquivo que foi feito executável possa ainda não ter a opção de ser executado a partir do menu de contexto ou clicar: ele pode abrir em um editor de texto, etc.
Para adicionar uma entrada de menu 'Executar' para executar esse arquivo, crie uma nova entrada de contratado
sudo gedit /usr/share/contractor/run.contract
assim:
[Contractor Entry]
Name=Run
Icon=run
Description=Run
MimeType=inode;application/x-sh;application/x-executable;
Exec=sh %U