Eu tive um problema semelhante quando eu mudei do Windows 7 para o Ubuntu e achei Fixing the MBR bastante útil.
Aqui está o link para ele: link
Corrigindo o registro mestre de inicialização (MBR)
Etapa 1: Ligue o computador, inicializando a partir do DVD de instalação do Windows 7 ou do disco de recuperação do sistema do Windows 7. Lembre-se, você pode precisar alterar a ordem de inicialização dentro do seu BIOS para que a unidade de DVD inicialize primeiro.
Etapa 2: Depois que o disco de instalação ou recuperação for carregado, se solicitado, selecione as configurações de idioma e continue. Se você estiver usando o DVD de instalação, quando solicitado pela tela a seguir, selecione Reparar seu computador.
Etapa 3: O computador levará alguns instantes para procurar por instalações do Windows, após as quais você terá a opção de selecionar qual instalação deseja reparar. Selecione a instalação apropriada do Windows na lista e continue. Se por acaso um problema for detectado em uma das instalações do Windows nesse estágio inicial, o sistema também poderá perguntar se ele pode tentar reparar o problema automaticamente. Cabe a você se você deseja deixar o sistema tentar se reparar, mas caso contrário, basta selecionar Não.
Passo quatro: Depois de ter atingido a tela Opções de Recuperação do Sistema, como mostrado abaixo, você será confrontado com uma lista de opções que podem ajudá-lo a reparar um sistema operacional Windows 7 danificado. Se você quiser experimentar a opção Reparo de Inicialização primeiro, ela geralmente consegue corrigir automaticamente muitos problemas diferentes de inicialização, mas neste artigo usaremos a opção Prompt de Comando para resolver nossos problemas manualmente. Então, clique em Prompt de Comando para continuar.
Passo cinco: Agora, no prompt de comando, digite o seguinte comando e pressione enter:
bootrec.exe /FixMbr
Se for bem-sucedido, você deverá ser saudado com a mensagem A operação foi concluída com êxito. É isso aí! Seu Master Boot Record foi reparado.
Enquanto o comando acima corrige o MBR e, às vezes, isso é suficiente, ainda pode haver um erro no setor de inicialização da partição do sistema e no BCD (Boot Configuration Data). Isso pode ocorrer se você tiver tentado instalar outro sistema operacional junto com o Windows 7, como o Windows XP. Para escrever um novo setor de inicialização, tente o seguinte comando:
bootrec.exe /FixBoot
Se ainda assim você não conseguir detectar a instalação do Windows 7 durante a inicialização ou se desejar incluir mais de uma opção do sistema operacional à lista de inicialização do sistema, tente o seguinte comando para reconstruir seu BCD:
bootrec.exe /RebuildBcd
O comando acima irá escanear todos os seus discos para outros sistemas operacionais compatíveis com o Windows 7 e permitir que você os adicione à lista de inicialização do seu sistema. Se isso falhar, você pode precisar fazer o backup da pasta BCD antiga * e criar uma nova em seu lugar com os seguintes comandos:
bcdedit /export C:\BCD_Backup
c:
cd boot
attrib bcd -s -h -r
ren c:\boot\bcd bcd.old
bootrec /RebuildBcd