Faça um backup primeiro.
Executar:
# cd <directory where new RPM is located>
# yum install java-1.6.0-openjdk-1.6.0.0-5.1.13.3.el6_5.rpm
Se as coisas não correrem bem e o RPM da versão anterior estiver disponível para o sistema, você poderá reverter com:
# yum history undo last
Se não estiver no sistema, você pode fazer downgrade ao reinstalar a versão anterior (após download primeiro ) com:
# cd <directory where original version RPM is located>
# yum downgrade java-1.6.0-openjdk-1.6.0.0-3.1.13.1.el6_5.rpm