No meu xubuntu eu tenho " Gerenciador de Tarefas ", eu dei uma olhada rápida e não t parece chamar indicador-multiload, e nunca causou um problema para mim. Talvez dar um giro?
Eu suponho que você também desinstalou, limpou e reinstalou o indicador-multiload, apenas no caso de sucessivas atualizações de sobreposição serem estranhas?
Boa sorte!