Você pode ter run.sh com privilégios "lidos por todos", mas se, e. / var / www / está com privilégios "somente leitura por root" você receberá a mensagem de erro "permissão negada".
verifique as permissões de todos os diretórios no caminho
/var/
/var/www/
/var/www/etherpad-lite/
/var/www/etherpad-lite/bin/