O problema parece ser que o yEd é aberto em um espaço de trabalho diferente, enquanto eu tenho várias áreas de trabalho desabilitadas nas configurações da aparência. Portanto, não foi possível encontrar o que estava errado com o yEd. Atualmente, eu não tenho uma correção para que sempre seja aberta na área de trabalho atual, além de mover manualmente a janela.
O outro ponto interessante é que não vejo um comportamento semelhante quando executo o aplicativo no meu laptop, mas meu computador desktop com dois monitores. Esta não poderia ser a razão, no entanto.