Se você criptografar suas partições do Linux, isso não terá impacto no Windows. Você precisará de uma partição de inicialização pequena para o carregador de inicialização, independentemente de executar apenas Linux ou Linux mais o Windows. Selecione o particionamento manual durante a instalação do Ubuntu, crie um contêiner criptografado e faça três volumes lógicos ( / , /home e swap) nele. Faça uma pequena partição /boot (mínimo de 80 MB, 200MB recomendado) fora do contêiner criptografado. Certifique-se de reduzir, não excluir, a partição do Windows. O instalador selecionará automaticamente a instalação do Windows e oferecerá inicialização dupla.