ls | grep -oP "(?<=$study.)[A-Z]$"
retornará qualquer letra maiúscula precedida pelo conteúdo de $study mais um caractere arbitrário (o T em seu exemplo) e seguido pelo final da linha.
A opção -P (expressões regulares Perl) é necessária para poder usar a expressão lookbehind positiva (?<=...) , mas pode não estar disponível em todos os sistemas e plataformas.