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Qual é o problema? Apenas 57,3% de uso. 41,6% sy. O que é isso?
O carregamento do sistema é causado principalmente por aplicativos que chamam funções do kernel. É espaço do usuário versus espaço do kernel. Você pode chamar strace -c -p $PID para os processos que causam a maior carga da CPU. Isso mostra quais syscalls são feitos e com que frequência.