Use o comando cp para copiar um arquivo, a sintaxe vai em cp sourcefile destinationfile .
Use o comando mv para mover o arquivo, basicamente corte e cole em outro lugar.
A sintaxe exata que você usaria para o seu exemplo é:
sudo cp /usr/bin/octave/3.2.4/m/miscellaneous/mkoctfile.m /usr/bin/mkoctfile-3.2.4
Para mais informações sobre os comandos cp ou mv você pode executar:
man cp
ou
man mv
Para ver as páginas de manual