Você pode modificar as propriedades dos dispositivos de entrada com o xinput
comando. Veja Faça movimentos do mouse percorra quando o botão do meio estiver pressionado para obter uma explicação detalhada. Você vai querer algo como
xinput --set-prop 'Thinkpad Trackpoint' 'Evdev Wheel Emulation' 0
em que Thinkpad Trackpoint
é o nome do dispositivo encontrado na saída de xinput list
e o valor final é 0 para desativar e 1 para ativar.
Estas opções não podem ser alteradas com base no programa ativo. Alguns gerenciadores de janela avançados permitem que você execute programas arbitrários em um comutador de foco. Alguns gerenciadores de janelas avançados (a maioria é o mesmo, espero) permitem programar algo como o EmulateWheel, que ocorre apenas em determinadas janelas. Eu esperaria que Fvwm, Sawfish, Awesome e Xmonad lidassem com uma quantidade não trivial, mas não intransponível de codificação, e não muitos mais.