Isso provavelmente se deve a uma alteração de localidade:
$ locale | grep LC_TIME
LC_TIME="en_GB.UTF-8"
$ who -b
system boot 2013-11-04 10:04
$ LC_TIME=C who -b
system boot Nov 4 10:04
Talvez sua localidade tenha sido alterada e não tenha entrado em vigor até a reinicialização (talvez você não tenha atualizado seu ambiente após a alteração). Quanto ao motivo pelo qual ele parece diferente em um daemon, ele provavelmente tem um valor diferente para LC_TIME ou nenhum valor.
Você pode obter a data usando algo assim (opcionalmente, substituindo en_GB.UTF-8
por qualquer localidade que resulte nesse formato, já que você pode não ter essa localidade em seu sistema):
$ LC_TIME=en_GB.UTF-8 who -b | awk '{ print $3 " " $4 }'
2013-11-04 10:04