múltipla conversão bam para cama usando bedtools

Question

Eu tenho dez arquivos .bam (formato de bioinformática) e gostaria de convertê-lo para 10 arquivos .bed, mas para essa conversão eu preciso usar um comando especial

bedtools bamTobed -i (input file) > output file.bed

    

Answer 1

Sua pergunta não é muito clara, mas talvez esse comando shell ajude.

for x in *.bam; do
    bedtools bamTobed -i "$x" >"${x%.bam}.bed"
done

    

Answer 2

você pode fazer algo como:

parallel --jobs <int> "bamToBed -i {} > {.}.bed" ::: *.bam