Experimente xmessage . Nada extravagante - basicamente muito simples X dialog equivalente - mas para exibir alerta deve fazer. E isso não depende de nenhum kit de ferramentas avançado (GTK +, Qt e outros).
notify-send (parte da libnotify) pode fazer algo parecido, mas integrado ao ambiente da área de trabalho - ele diz ao DE para exibir uma mensagem pop-up (ela está presente no SLE11 SP3).